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Prof. Dr. Achim Tresch

 

Institutsleitung

 

AG Bioinformatik

Telefon: +49(0)221 478 96512

Email: achim.treschSpamProtectionuni-koeln.de

 

 

Forschungsschwerpunkte

  • Transkriptionsregulierung, Epigenomik und RNA-Stoffwechsel
  • Entwicklung und Anwendung statistischer Methoden der Exploration und integrativer Analyse von hochdimensionalen biomedizinischen Daten der RNA-Sequenzierung, Chromatin-Immunpräzipitation, Bisulfit-Sequenzierung und mikroskopischen Hochdurchsatz-Bildgebung
  • Entwicklung von Probabilistischen Graphischen Modellen und effizienten Interferenzalgorithmen für die Rekonstruktion intrazelluläre Signalisierungsnetzwerken

 

Berufserfahrung

2017–heute     Direktor/Institutsleiter, Institut für Medizinische Statistik und Bioinformatik, Medizinische Fakultät, Universität zu Köln

2012–2017      Jeff Schell Professor (W2), Bioinformatik, Max-Planck Institut für Pflanzenzüchtungsforschung, Köln und Universität zu Köln

2008–2012      Gruppenleiter, Genzentrum, Ludwig-Maximilians Universität zu München

2006–2008      Juniorprofessor, Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

2005–2006      Postdoc, Deutsches Krebsforschungszentrum (DFKZ), Abteilung für Molekulare Genetik, Heidelberg

2002-2004       Postdoc, Fraunhofer Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI), St. Augustin

 

Bildungsweg

1997–2001      Dr. rer. nat. Mathematik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

1991–1997      Diplom in Mathematik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

1991–1993      Vordiplom in Physik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

 

Ausgewählte Publikationen

Beerenwinkel, N., Knupfer, P. & Tresch, A. in Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology Vol. 10   (2011).

Gagneur, J., Elze, M. C. & Tresch, A. Selective phenotyping, entropy reduction, and the mastermind game. BMC bioinformatics 12, 406, doi:10.1186/1471-2105-12-406 (2011).

Miller, C., Schwalb, B., Maier, K., Schulz, D., Dumcke, S., Zacher, B., Mayer, A., Sydow, J., Marcinowski, L., Dolken, L., Martin, D. E., Tresch, A. & Cramer, P. Dynamic transcriptome analysis measures rates of mRNA synthesis and decay in yeast. Molecular systems biology 7, 458, doi:10.1038/msb.2010.112 (2011).

Niederberger, T., Failmezger, H., Uskat, D., Poron, D., Glauche, I., Scherf, N., Roeder, I., Schroeder, T. & Tresch, A. Factor graph analysis of live cell-imaging data reveals mechanisms of cell fate decisions. Bioinformatics (Oxford, England) 31, 1816-1823, doi:10.1093/bioinformatics/btv040 (2015).

Schmidt, C. S., Bultmann, S., Meilinger, D., Zacher, B., Tresch, A., Maier, K. C., Peter, C., Martin, D. E., Leonhardt, H. & Spada, F. Global DNA Hypomethylation Prevents Consolidation of Differentiation Programs and Allows Reversion to the Embryonic Stem Cell State. PLoS ONE 7, e52629, doi:10.1371/journal.pone.0052629 (2012).

Schneider, E., Pliushch, G., El Hajj, N., Galetzka, D., Puhl, A., Schorsch, M., Frauenknecht, K., Riepert, T., Tresch, A., Muller, A. M., Coerdt, W., Zechner, U. & Haaf, T. Spatial, temporal and interindividual epigenetic variation of functionally important DNA methylation patterns. Nucleic acids research 38, 3880-3890, doi:10.1093/nar/gkq126 (2010).

Schwalb, B., Michel, M., Zacher, B., Fruhauf, K., Demel, C., Tresch, A., Gagneur, J. & Cramer, P. TT-seq maps the human transient transcriptome. Science (New York, N.Y.) 352, 1225-1228, doi:10.1126/science.aad9841 (2016).

Sun, M., Schwalb, B., Pirkl, N., Maier, K. C., Schenk, A., Failmezger, H., Tresch, A. & Cramer, P. Global analysis of eukaryotic mRNA degradation reveals Xrn1-dependent buffering of transcript levels. Mol Cell 52, 52-62, doi:10.1016/j.molcel.2013.09.010 (2013).

Zacher, B., Lidschreiber, M., Cramer, P., Gagneur, J. & Tresch, A. Annotation of genomics data using bidirectional hidden Markov models unveils variations in Pol II transcription cycle. Molecular systems biology 10, 768, doi:10.15252/msb.20145654 (2014).