Institutsleitung

 

Leitung AG Bioinformatik / Computational Biology

Telefon: +49(0)221 478 96512

E-Mail: achim.treschuni-koeln.de

 

 

 

Forschungsschwerpunkte

• Transkriptionsregulierung, Epigenomik und RNA-Stoffwechsel
• Entwicklung und Anwendung statistischer Methoden der Exploration und integrativer Analyse von hochdimensionalen biomedizinischen Daten der RNA-Sequenzierung, Chromatin-Immunpräzipitation, Bisulfit-Sequenzierung und mikroskopischen Hochdurchsatz-Bildgebung
• Entwicklung von Probabilistischen Graphischen Modellen und effizienten Interferenzalgorithmen für die Rekonstruktion intrazellulärer Signalnetzwerke

 

Berufserfahrung

2017 – heute      Direktor/Institutsleiter, Institut für Medizinische Statistik und Bioinformatik, Medizinische Fakultät, Universität zu Köln

2012 – 2017       Jeff Schell Professor (W2), Bioinformatik, Max-Planck Institut für Pflanzenzüchtungsforschung Köln und Universität zu Köln

2008 – 2012       Gruppenleiter, Genzentrum, Ludwig-Maximilians Universität München

2006 – 2008       Juniorprofessor, Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

2005 – 2006       Postdoc, Deutsches Krebsforschungszentrum (DFKZ), Abteilung für Molekulare Genetik, Heidelberg

2002 - 2004        Postdoc, Fraunhofer Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI), St. Augustin

 

Bildungsweg

1997 – 2001       Dr. rer. nat. Mathematik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

1991 – 1997       Diplom in Mathematik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

1991 – 1993       Vordiplom in Physik, Johannes Gutenberg-Universität Mainz

 

Ausgewählte Publikationen

• Schwalb, B, Margaux, M, Zacher B, Fühauf K, Demel K, Tresch A, Gagneur J, Cramer P. TT-seq maps the human transient transcriptome, Science 2016.
   
• Niederberger T, Failmezger H, Uskat D, Poron D, Glauche I, Scherf N, Roeder  I, Schroeder T, Tresch, A. Factor graph analysis of live cell imaging data reveals mechanisms of cell fate decisions, Bioinformatics 2015.
   
• Zacher B, Lidschreiber M, Cramer P, Gagneur J, Tresch A. Annotation of directed genomic states unveils variations in the Pol II transcription cycle, Molecular Systems Biology 2014.
   
• Sun M, Schwalb B, Pirkl N, Maier K, Failmezger H, Tresch A, Cramer P. Global analysis of mRNA degradation reveals Xrn1-dependent buffering of transcript levels. Mol. Cell 2013.
   
• Schmidt C, Bultmann S, Meilinger D, Zacher B, Tresch A, Maier K, Peter C, Martin D, Leonhardt H, Spada F. Global DNA hypomethylation prevents consolidation of differentiation programs and allows reversion to the embryonic stem cell state, PLoS One, 2012.
   
• Gagneur J, Elze M, Tresch A. Selective phenotyping, Entropy Reduction and the Mastermind Game., BMC Bioinformatics 2011.
   
• Beerenwinkel N, Knupfer P, Tresch A. Learning monotonic genotype-phenotype maps. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 2011.
   
• Miller C, Schwalb B, Maier K, Schulz D, Dümcke S, Zacher B, Mayer A, Sydow J, Marcinowski L, Dölken L, Martin D, Tresch A (co-correspondence), Cramer P. Dynamic transcriptome analysis reveals dynamics of mRNA synthesis and decay in yeast. Molecular Systems Biology, 2011.
   
• Schneider E, Pliushch G, El Hajj N, Galetzka D, Puhl A, Schorsch M, Frauenknecht K, Riepert T, Tresch A, Müller A, Coerdt W, Zechner U, Haaf T. Spatial, temporal and inter- individual epigenetic variation of functionally important DNA methylation patterns. Nucleic Acids Research, 2010.